土地革命战争时期，中国共产党领导的中国工农红军一直实行双首长制。红军政工制度是共产党“以党治军”理念的明显表征，体现了政治与军事并重的宗旨，尤其突出了政治领导，这与中国历来的军队建制有根本的区别。

　　萌芽时期：政治指导员制度

　　红军政工制度的发展，就其主流而言可分为三个时期。第一个时期实行政治指导员制度，时间跨度为1927年8月南昌起义至1928年6月红四军成立。政治指导员制度源自北伐战争时期的国民革命军，原来叫“党代表”和“政治委员”。政治指导员大多由共产党员（跨党兼有国民党员身份）担任。

　　在此之前，大批共产党员已在国民革命军中或黄埔军校中担任党代表，从事政治工作。但党代表制度的严格推行，影响到了军事长官行使指挥权。党代表与指挥官在指挥上时常发生争执，各指挥官对于党的命令并不十分尊重。共产党的领导人为维护国共合作，避免指挥官（国民党员）与党代表（共产党员）发生纠纷，要求党代表只注重政治宣传，不可干涉军事事务，但矛盾始终存在。北伐战争的开始，预示着党代表时代的结束，军中担任政治工作的大部分是政治指导员，与党代表相比，政治指导员的职权大为缩水。

　　众所周知，南昌起义部队是中国工农红军的主要来源之一，实行的是政治指导员制度。政治指导员的任务是负责军中的党组织工作和宣传工作，协助指挥官完成战斗、给养、管理、训育等各项任务，一切工作以争取军事胜利为主要目标。政治指导员在军中的地位低于同级指挥官，但高于下一级的指挥官。总体而言，这一时期，指导员与指挥官的关系是比较融洽的，原因在于政治指导员既能帮助指挥官处理军中事务，又能以指挥官的意见为主。

　　南昌起义失败后，中国共产党人认真总结了经验。中共中央认为，革命战争必须要创造新的革命军队，建立工农的革命军，以及忠实于革命的军官。工农革命军中必须有党代表制度，严格执行党的纪律，清除一切投机分子。

　　中国共产党领导的军队究竟是实行政治指导员制度还是党代表制度？党内一直存在争议。当时朱德领导的部队直接援引国民党政工制度体系，因为这一体系有利于军事指挥官施展军事才能；而毛泽东领导的部队实行党代表制度，因为这一体系有利于政工人员地位的提高。

　　可见，政治指导员制度与党代表制度是有所区别的，差异不仅在于名称不同，两者在军中的地位亦不同。指导员之所以改为党代表，原因大致有两点：一是南昌起义部队虽由共产党领导，一开始却打着国民革命军的旗号，若继续使用指导员，容易与国民党军队中的指导员相混淆，故必须另打旗号，有意与国民党军队相区别；二是起义部队中的许多俘虏原先是国民党士兵，他们大都轻视政治指导员，认为政治指导员的地位远低于军事指挥官。